目前在临床上，想要通过药物治疗来彻底根治巧克力囊肿这一疾病，难度是很大的，即便是采用保守性的手术治疗，巧克力囊肿复发的可能性也相当高。这对于患有这种子宫内膜异位症类型的女性患者来说，可算是一种天大的烦恼。

卵巢巧克力囊肿虽然是盆腔内的一种异常肿物，但并不属于肿瘤疾病。并且大部分的巧克力囊肿都是良性病变，极少见恶性的巧克力囊肿发生。只要及时并且积极地治疗，还是有很大的机会能够在保留女性正常生育功能的前提下彻底治愈。